Om de effecten van de nieuwe en te vervangen windturbines te beoordelen, is een milieueffectrapportage (m.e.r.) uitgevoerd. Daartoe zijn meerdere onderzoeken naar mogelijke effecten uitgevoerd; onder meer rond ecologie, waterveiligheid, geluid, slagschaduw, externe veiligheid, toerisme en landschap. Deze onderzoeken zijn gebundeld in een Milieu Effect Rapport (MER).

Een m.e.r. heeft tot doel het milieubelang een volwaardige plaats te geven in de besluitvorming over activiteiten met mogelijk nadelige gevolgen voor het milieu. Een m.e.r. beschrijft zo objectief mogelijk welke milieueffecten te verwachten zijn. De wet geeft aan in welke gevallen een MER moet worden opgesteld. Dat is onder meer bij (uitbreiding van) een windproject van meer dan 15 MW. Bij de Optimalisatie Windparken Oosterscheldekering is dat het geval.

Varianten en alternatieven
Voor de beoordeling van milieueffecten zijn een aantal varianten en alternatieve opstellingen bekeken. Op basis daarvan is vervolgens een zogenaamd Voorkeursalternatief vastgesteld. Dit is het alternatief dat de initiatiefnemer ook wil gaan bouwen. De belangrijkste keuzes waren of op de westelijke zijde van de Roggenplaat één extra grote windturbine gebouwd zou worden (een zogenaamde Landmark) of twee turbines van vergelijkbare hoogte met de windturbines aan de oostzijde. En of er windturbines langs de Mattenhaven of langs de Binnenhaven op Neeltje Jans komen.

In het Voorkeursalternatief is gekozen voor twee windturbines op de Roggenplaat en voor vier windturbines langs de Binnenhaven. Dat laatste vooral vanwege ecologie. In de Mattenhaven bevindt zich een broedkolonie van vogels en een zogenaamde hoogwatervluchtplaats, waar vogels die in de rui zijn een veilig heenkomen kunnen vinden.

Advies Commissie voor de milieueffectrapportage
Met het uitvoeren van de onderzoeken voor het MER is halverwege 2017 begonnen. Een MER wordt getoetst door de onafhankelijke Commissie voor de milieueffectrapportage (Commissie m.e.r.). Deze commissie heeft in 2017 ook een werkbezoek aan het gebied gebracht. In februari 2018 heeft de Commissie m.e.r. een eerste advies over het MER gegeven. Op een aantal onderdelen verzocht de commissie een aanvulling of nadere onderbouwing op te nemen. Bijvoorbeeld door via visualisaties duidelijk te maken hoe de windparken eruit komen te zien. En duidelijker te maken wat de eventuele effecten op vleermuizen in het gebied zijn. Het MER is daarop aangevuld, waarna de Commissie m.e.r. in mei 2018 een positief advies heeft uitgebracht. Bekijk hier het MER.